Balai Besar Pelatihan Kesehatan (BBPK) Makasar Pelatihan juga melaksanakan pelatihan yang bersumber dari Pendapatan Negara Bukan Pajak (PNBP), yaitu program pelatihan yang dibiayai menggunakan dana yang diperoleh oleh pemerintah dari sumber-sumber selain pajak. Pelatihan yang bersumber dari PNBP adalah program-program pelatihan yang diadakan oleh kementerian atau lembaga pemerintah untuk meningkatkan kapasitas aparatur negara, program sertifikasi keterampilan bagi pekerja di sektor tertentu, atau program pelatihan kewirausahaan bagi masyarakat umum yang didanai oleh hasil penerimaan layanan pemerintah atau pengelolaan sumber daya alam.

Melalui pelatihan ini, pemerintah berupaya memaksimalkan penggunaan dana PNBP untuk memberikan manfaat langsung kepada masyarakat, meningkatkan kualitas sumber daya manusia, dan mendorong pembangunan ekonomi yang lebih inklusif dan berkelanjutan. Peserta pelatihan dapat berasal dari berbagai kalangan, termasuk pegawai negeri sipil (PNS), pekerja sektor swasta, masyarakat umum, dan kalangan profesional yang membutuhkan peningkatan keterampilan.

Persyaratan umum pelatihan PNBP diantaranya :
1.⁠ ⁠PNS atau tenaga kesehatan;
2.⁠ ⁠⁠Mendapat surat pemanggilan peserta;
3.⁠ ⁠⁠Mendapat surat tugas dari instansi masing-masing;
4.⁠ ⁠Belum pernah mengikuti pelatihan yang sama;
5.⁠ ⁠⁠Bersedia mengikuti pelatihan sampai selesai.