Secara historis, perkembangan Balai Besar Pelatihan Kesehatan (BBPK) Makassar sejak didirikan tahun 1982 sampai sekarang, mengalami beberapa kali perubahan nama sesuai dengan tuntutan dan kebutuhan pada masanya. Pada awal didirikannya (tahun 1982) bernama Balai Latihan Kesehatan (BLKM) dengan lokasi bersama dengan Pelatihan Kusta di Kompleks Kesehatan Banta-Bantaeng

Melalui SK Menkes RI No. 45/Menkes/SK/I tahun 1987 nama berubah menjadi Kursus Latihan Kesehatan Masyarakat (KLKM), dan lokasi di jalanMoha No. 59 Antang Raya Makassar.

Selanjutnya dengan surat Keputusan Menteri Kesehatan RI No.911/Menkes/SK/XI/1993 namanya berubah menjadi Balai Pelatihan Kesehatan (Bapelkes) Makassar.

Dan pada tanggal 22 Oktober 2008 melalui Peraturan Menteri Kesehatan Nomor : 971/Menkes/Per/X/2008 berubah menjadi Balai Besar Pelatihan Kesehatan (BBPK) Makassar yang meliputi 10 (sepuluh) Propinsi Kemitraan, yaitu Sulsel, Sulbar, Sulteng, Sultra, Sulut, Gorontalo, Maluku, Maluku Utara, Papua dan Papua Barat.

Dan pada tanggal 22 November 2011 melalui Peraturan Menteri Kesehatan No. 2361/Menkes/Per/XI/2011 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis di Bidang Pelatihan Kesehatan dengan Nama tetap sebagai Balai Besar Pelatihan Kesehatan (BBPK) Makassar cuma daerah mitranya berubah menjadi 8 (delapan) Provinsi Mitra yang terdiri dari Sulsel, Sulbar, Sulteng, Sultra, Sulut, Gorontalo, Maluku dan Maluku Utara.